위장관암의 치료는 암세포가 위장관벽을 얼마나 침범 했는지와 임파선이나 주위장기의 전이여부에 따라 내시경적 치료, 항암제 투여, 방사선 치료 및 수술 등이 다양하게 시행됩니다. 
최근 소화관 크리닉에서는 내시경 시술경험의 축적과 내시경 기기의 발달로 인하여 암의 크기가 작거나 위장관 표면에 국한되어 있는 조기 위장관암의 경우 수술을 하지 않고 내시경을 이용한 절제술로 근치가 가능해 졌으며, 수술이 불가능한 진행성 위장관암의 경우에는 음식물 통과를 돕기위해 내시경을 통한 인공관의 삽관으로 생존율의 향상뿐만 아니라 삶의 질을 향상시킬 수 있습니다.

조기 위암 중 점막에 국한 된 경우는 내시경적 위점막 절제술이라는 위내시경 수술법 으로 개복 수술을 하지 않고도 위암의 완전 절제가 가능합니다.

대장 용종이란 대장암으로 진행할 수 있는 병변이기 때문에 반드시 제거해야 됩니다.
최근에는 내시경 수술 기법의 발달로 크기가 큰 용종도 아래 그림과 같이 내시경적 용종 절제술로 제거가 가능합니다.